標準的なデータファイル仕様において、健診受診者の事情により、特定健診の検査項目を実施できなかった場合の取扱いは、検査値欄は空欄として、検査の実施有無欄に「実施」を入力することで、受診者の事情により検査を実施できなかったという取り扱いとしている。このような場合の理由については、医師の診断（判定）項目欄にその理由を記載してください。
ちなみに、単に検査を実施していない場合は当然ながら実施していないという扱いになる。（XMLファイル上の記述ルールとしては、entry自体を削除し出力。実施を予定していて実施しない場合の「未実施」扱いとは異なることに注意。）
なお、生理中の女性の他、腎疾患等の基礎疾患があるため排尿障がいを有している者に限り尿検査の実施を断念した場合であっても特定健診を実施したことと見做すこととなっていて、それ以外の場合は、原則として委託契約上行うべき全ての検査項目を受診していなければ特定健診を実施したとは見做さないことから、医療保険者との契約委託不成立となる場合があるので注意されたい。