総務係

総会・理事会、規約・規則の制定及び改廃、人事及び給与、文書の収発並びに整理保存、事務局広報に関すること等

企画財政係

会務運営の総合的企画、予算、補助金申請に関すること等

会計係

収入及び支出の審査並びに執行、支出負担行為、決算、その他の会計事務に関すること等

保健事業係

保健事業、保健師活動、人工透析統計、保健事業に係る情報収集及び分析統計、疾病分類調査統計、国保等ヘルスサポート事業、保健事業支援・評価委員会、保険者協議会、国保データベースシステム、保険者データヘルス支援システム、市町村保健師協議会等関係機関との連絡調整、医療費適正化に係る情報収集及び分析、高齢者の保健事業及び介護予防の一体的実施に関すること等

保険者事業支援係

事業の企画振興、国民健康保険診療施設協議会、熊本県国保地域医療学会、広報事業、特定健診・保健指導等に係る支援、特定健診等データ管理システムの運用・管理、後期高齢者歯科口腔健康診査費用の支払、情報提供事業に関すること等

システム運用係

国保総合システム及び後期高齢者医療請求支払システム運用保守、セキュリティ対策システムの運用に関すること等

情報処理係

保険者事務共同電算処理事業、国保情報集約システム、電算処理に係る保険者及び委託先との連絡調整、電算処理に係る保険者等とのデータの授受及び送達に関すること等

介護保険係

介護給付費等の受付・伝送・審査・支払業務、全国決済業務、再審査・過誤調整、債権差押・債権譲渡、介護給付費等審査委員会（介護医療部会）、保険料の特別徴収情報経由、介護サービス事業所との連絡調整、介護サービス苦情・相談処理事務、要介護認定等経由事業、ケアプランデータ連携システムに関すること等

介護事業係

介護保険保険者事務共同処理、介護給付適正化支援事業、介護給付費等審査委員会（審査部会）、障がい介護・障がい児給付費等の受付・伝送・審査・支払業務、全国決済業務、再審査・過誤調整、債券差押・債権譲渡、障がい福祉サービス等事業所との連絡調整、障がい者総合支援市町村等事務共同処理に関すること等

審査係

審査委員会及び各部会、特別審査委員会、再審査に係る関係機関との連絡調整及び通知、県が行う医療機関指導に係る連絡調整、審査及び再審査に係る調査統計、審査業務計画、市町村保険者に対するレセプト点検支援、保険者二次点検に関すること等

医科一係　医科二係　医科三係

診療報酬請求書等の受付・発送、診療報酬請求書等の事務点検及び審査に係る係数整理・調査・統計、一万円以上の減額査定、保険医療機関に関する通知及び連絡調整、被保険者の資格審査、審査職員の研修に関すること等 

審査調整係

レセプト電算処理システムの運用、審査チェック項目等の精査及び登録、医療費統計、地方単独事業のエラーチェック、オンライン資格確認に伴う連絡調整、訪問看護ステーション、福祉医療に関すること等

歯科係

診療（歯科）報酬請求書及び明細書等の受付・発送・事務点検・審査に係る係数整理・調査・統計、保険医療機関・保険薬局に関する通知及び連絡調整、被保険者の資格審査、オンライン資格確認に伴う連絡調整に関すること等

調剤係

診療（調剤）報酬請求書及び明細書等の受付・発送・事務点検・審査に係る係数整理・調査・統計、保険医療機関・保険薬局に関する通知及び連絡調整、被保険者の資格審査、オンライン資格確認に伴う連絡調整に関すること等

審査支援係

療養費、柔道整復療養費、あはき療養費の審査・決定、特別療養費、疾病分類に関すること等

支払調整係

診療報酬支払確定額・請求確定額の算定並びに通知、全国決済業務、過誤調整、調査統計、診療報酬債権差押・債権譲渡、保険医療機関・保険薬局の振込金融機関等指定（変更）届、保険医療機関の指定・承認等に係る連絡調整、出産育児一時金等の医療機関等への支払等、保険者間調整、風しんの追加的対策請求支払に関すること等 

求償係

第三者行為損害賠償求償事務、第三者行為損害賠償求償の相談業務、第三者行為損害賠償求償の調査研究及び研修に関すること等